En Asie, le Japon est toujours apparu comme un pays à part. On a pu, du fait de sa situation en bordure du continent asiatique, comparer son histoire à celle du Royaume-Uni. Mais des différences fondamentales existent entre ces deux territoires situés à l'écart des continents. Les origines de la population japonaise sont diverses : mongoles, coréennes, malaises et polynésiennes.
Par ailleurs, les Aïnus, issus de Sibérie, se sont installés dans le nord du pays. Le Japon est resté isolé jusqu'au Ve siècle de notre ère, mais son développement culturel a débuté bien avant. On a retrouvé sur place des outils de pierre vieux de 10 000 à 30 000 ans, ainsi que des poteries d'une grande qualité esthétique et des outils de pierre polie qui attestent un peuplement néolitique.
Cette culture appelée Jomon (du nom de ces poteries particulières décorées de reliefs et d'impressions de cordes) perdurera au moins jusqu'au IIIe siècle de notre ère; elle sera lentement remplacée par la culture Yayoi. Un nouveau foyer de civilisation, peut-être constitué de populations nouvelles en provenance du sud de la Chine, se fixa alors dans le nord de Kyushu.
L'utilisation du métal dans la fabrication des armes et des outils, l'élaboration de nouvelles techniques de poterie mais surtout l'introduction de la riziculture vinrent s'ajouter aux uniques activités de pêche et de cueillette des périodes antérieures.
À partir du Ve siècle, pour des raisons culturelles diverses, le Japon s'ouvrit volontairement à l'influence de la Chine. Les ambassades se multiplièrent, rapportèrent de nombreux trésors, dont l'écriture, mais c'est seulement en 712 que fut rédigé le tout premier écrit japonais : le Kojiki. Ce récit mythologique des origines fut rapidement suivi, en 720, par un recueil plus historique d'annales, le Nihon Shoki.
À la fin du VIIIe siècle, le Japon entra dans l'ère dite de Heian (794-1185). Période d'apogée culturelle dans les domaines des arts et des lettres, elle se traduisit également par la montée des classes guerrières, qui finirent par s'arroger le pouvoir à la fin du XIIe siècle, lorsque Minamoto no Yoritomo, vainqueur des luttes entre clans rivaux, fut nommé shogun (grand chef militaire) par l'empereur.
Ce pouvoir fort de type militaire perdura jusqu'en 1868,date à laquelle débuta l'ère Meiji. À partir du XVIe siècle, les grandes expéditions maritimes occidentales poussèrent le Japon à s'ouvrir sur l'extérieur. Les étrangers (essentiellement portugais et hollandais) importèrent la religion chrétienne, qui se développa très rapidement. Au début du XVIIe siècle cependant, le gouvernement décida de fermer les portes du pays à toutes les influences étrangères.
Le Japon ne sortit de ce nouvel isolement volontaire que lorsque les canons du commodore Perry, de la marine de guerre américaine, vinrent menacer son indépendance en 1853. À la suite de cette crise politique, le shogun dut démissionner et l'empereur Mutsuhito fut installé au pouvoir en 1868. Le Japon s'affirma rapidement comme une puissance militaire capable, malgré son isolement prolongé, de démontrer sa supériorité aux pays voisins : il battit la Chine en 1895, installa son influence en Corée et défit la Russie à Port Arthur en 1905.
Son intervention aux côtés des Alliés, au cours de la Première Guerre mondiale renforça encore sa position sur la scène internationale et lui permit d'étendre ses territoires, conformément au traité de Versailles. Les années suivantes, très prospères, furent marquées par des changements extrêmement rapides et le Japon décida de suivre une politique militariste et expansionniste.
Il exerça une influence accrue en Asie, envahit la Mandchourie en 1931 et une grande partie de la Chine à partir de 1937. Il s'allia à l'Allemagne et à l'Italie en 1936-1937. Le 7 décembre 1941, le Japon lança une attaque aérienne contre les forces navales américaines à Pearl Harbor (Hawaii), ce qui décida les États Unis à participer à la Seconde Guerre mondiale. La machine de guerre japonaise encercla rapidement la plus grande partie du Sud-Est asiatique et étendit sa domination sur toute la région jusqu'en 1943, lorsque le cours des événements se retourna contre le Japon. Les 6 et 9 août 1945, les États-Unis lancèrent deux bombes atomiques sur Hiroshima et Nagasaki.
Le 8 août, l'URSS déclara la guerre au Japon et occupa la Mandchourie. Le 14 août, le Japon capitula. De 1945 à 1952, le pays fut occupé principalement par les forces américaines. En 1947, sous l'égide des États-Unis, une nouvelle Constitution était adoptée : le pays s'engageait à renoncer à la guerre, à garantir les droits fondamentaux de l'homme et à maintenir un régime démocratique. Depuis la Seconde Guerre mondiale, le Japon entretient une force de défense, mais les États-Unis assurent pour l'essentiel sa sécurité.
Le Parti libéral démocrate (PLD), qui est resté au pouvoir pratiquement sans interruption depuis la Seconde Guerre mondiale, s'est considérablement affaibli depuis les scandales financiers de la fin des années quatre-vingt et du début des années quatre-vingt-dix. À la suite de l'échec du PLD aux élections législatives de 1992, un gouvernement de coalition, formé de sept partis politiques distincts, et conduit par Morihiro Hosokawa, fut constitué. Mais ce dernier devait démissionner dès l'année suivante, laissant la place à Tsutoma Hata, qui à son tour quitta ses fonctions en juin 1994, tandis que Tomiichi Murayama, président du Parti social-démocrate du Japon (PSDJ), était élu Premier ministre et formait une coalition surprenante avec le PLD. Murayama devenait alors le quatrième Premier ministre en moins d'un an, et le premier socialiste à diriger le gouvernement depuis 1948.
1995 a marqué une période de chocs successifs pour le Japon : séisme à Kobe, attentat au gaz de la secte Aum, hausse du yen et crise politique.